Dónde guardar los paquetes de R (en Linux, al menos)
En todos mis Linux, desde el principio de los tiempos, R guardaba los paquetes en
/usr/lib/R/library/usr/lib/R/site-library(¡a veces y no sé por qué!)/usr/local/lib/R/site-library
Bajo /usr/lib deberían instalarse solo aquellos que vienen de serie con la instalación de R (o que se instalan usando el sistema de actualización de paquetes de la distribución de Linux) mientras que bajo /usr/local vivirían los instalados posteriormente por el usuario (véase esto).
Por supuesto, para escribir /usr/local/lib/R/site-library hacen falta permisos de superusuario y los paquetes ahí instalados están disponibles para todos los usuarios de la máquina. Pero de un tiempo a esta parte y por culpa, creo, de RStudio (tanto en versión de escritorio como de servidor), se me han comenzado a instalar paquetes en ~/R, bajo mi directorio personal. ¡Anatema!
Pese a lo herético del asunto y por motivos que no vienen al caso, he decidido a partir de ahora almacenar los paquetes adicionales de R en ese último directorio, debajo de /home. Que cada cual haga sus cuentas.
Lo más importante, en cualquier caso, es el conocimiento de cómo ubica R los paquetes y cómo configurar esas opciones para poder disfrutar de la libertad de colocarlos donde a uno le plazca y no donde decidan poco democráticamente las opciones por defecto (y omito aquí deliberadamente una reflexión paternalista sobre la libertad y sus concomitancias):
- Primero, para saber cuáles son las rutas en que R busca e instala paquetes, úsese
.libPaths(). - Y segundo, para configurar dichas rutas (y en particular si uno quiere almacenar paquetes en su directorio personal), edítese
/etc/R/Renviron.
Allá por el final del ese fichero (y si no, búsquese LIBS en él) aparecen las líneas
`R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1'}
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.1/library'}`La primera es para usuarios de Linux. La segunda, para los pesados de la fruta. Coméntese y edítese a conveniencia.
