Paquetes

Aleatoriedad hirsuta, aleatoriedad pochola

Contemplando y comparando y se me han venido a la mente los adjetivos hirsuto y pocholo para calificar las respectivas formas de aleatoriedad que representan. La primera es el resultado del habitual n <- 200 x <- runif(n) y <- runif(n) plot(x, y, pch = 16) mientras que la segunda exige el más sofisticado library(randtoolbox) s <- sobol(n, 2, scrambling = 3) x <- s[,1] y <- s[,2] plot(x, y, pch = 16) Se ve que Sobol quería rellenar más armoniosamente el espacio.

Optimización estocástica

R
Una de los proyectos en los que estoy trabajando últimamente está relacionado con un problema de optimización no lineal: tengo un modelo (o una familia de modelos) no lineales con una serie de parámetros, unos datos y se trata de lo que no mercería más explicación: encontrar los que minimizan cierta función de error. Tengo implementadas dos vías: La nls, que usa un optimizador numérico genérico para encontrar esos mínimos. (Nótese que uso nls y no nls porque esa función me queda muy corta).

CausalImpact me ha complacido mucho

Estoy aquí analizando datos para un cliente interesado en estudiar si como consecuencia de uno de esos impuestos modennos con los que las administraciones nos quieren hacer más sanos y robustos. En concreto, le he echado un vistazo a si el impuesto ha encarecido el precio de los productos gravados (sí) y si ha disminuido su demanda (no) usando CausalImpact y me ha complacido mucho que la salida de summary(model, "report") sea, literalmente, esta:

Densidades unidimensionales en R

R
Es un asunto tangencial que, además, se soluciona las más de las veces con density. Pero parece que tiene mucha más ciencia detrás. Por algún motivo, acabé un día en la página del paquete logspline, que ajusta densidades usando splines. Su promesa es que puede realizar ajustes de densidades tan finos como que está extraído de Polynomial Splines and their Tensor Products in Extended Linear Modeling, el artículo que le sirve de base teórica.

Más sobre el "método delta": propagate

Por referencia y afán de completar dos entradas que hice hace un tiempo sobre el método delta, esta y esta, dejo constar mención al paquete propagate, que contiene métodos para la propagación de la incertidumbre. Para desavisados: si $latex x \sim N(5,1)$ e $latex y \sim N(10,1)$, ¿cómo sería la distribución de $latex x/y$? Etc.

Una R-referencia con referencias para epidemiólogos circunstanciales

Lo del coronavirus nos ha convertido a todos en epidemiólogos circunstanciales. Casi ninguno de vosotros tenéis acceso a los datos necesarios para hacer cosas por vuestra cuenta, pero sí, tal vez gracias a esta entrada, las herramientas necesarias para ello. Podéis empezar por el paquete survellance de R, que implementa muchos de los métodos más modernos para la monitorización de brotes epidémicos. En particular, puede que os interese la función bodaDelay, intitulada Bayesian Outbreak Detection in the Presence of Reporting Delays, y que implementa una serie de métodos para estimar el número real de casos cuando las notificaciones de los positivos llegan tarde.

To IRLS or not to IRLS

A veces tomas un artículo de vaya uno a saber qué disciplina, sismología, p.e., y no dejas de pensar: los métodos estadísticos que usa esta gente son de hace 50 años. Luego cabe preguntarse: ¿pasará lo mismo en estadística con respecto a otras disciplinas? Por razones que no vienen al caso, me he visto en la tesitura de tener que encontrar mínimos de funciones que podrían cuasicatalogarse como de mínimos cuadrados no lineales.

Análisis estadístico de mezclas

No es algo que ocurra habitualmente. Creo que conozco a alguien que me dijo que lo tuvo que hacer una vez. Pero podría ocurrir en algún momento que tuvieses que analizar mezclas, es decir, situaciones experimentales en las que lo importante es la proporción de ciertos ingredientes (con la restricción obvia de que dichas proporciones suman la unidad). Para más datos, Mixture Experiments in R Using mixexp, que describe el paquete de R mixexp.

model4you

Un grupo de estudiantes se examina en horas distintas con exámenes parecidos pero no iguales. Se pretende estudiar si el examen tiene algún efecto sobre la nota final y para eso se hace algo así como bmod_math <- lm(pcorrect ~ group, data = MathExam) para obtener una distribución de la nota media por grupo descrita bien cbind(estimate = coef(bmod_math), confint(bmod_math)) ## estimate 2.5% 97.5% ## (Intercept) 57.600184 55.122708 60.07766 ## group2 -2.

El "método delta", ahora con NIMBLE

NIMBLE ha sido uno de mis más recientes y provechosos descubrimientos. Mejor que hablar de él, que otros lo harán mejor y con más criterio que yo, lo usaré para replantear el problema asociado el método delta que me ocupó el otro día. Casi autoexplicativo: library(nimble) src <- nimbleCode({ T_half <- log(.5) / k k ~ dnorm(-0.035, sd = 0.00195) }) mcmc.out <- nimbleMCMC(code = src, constants = list(), data = list(), inits = list(k = -0.

bamlss promete regresión bayesiana flexible

R
Un paquete relativamente nuevo de R (las primeras versiones son de 2017) que llevo un tiempo siguiendo de reojo es bamlss. bamlss es un paquete que permite especificar y ajustar varios tipos de modelos usando en principio métodos bayesianos, aunque tampoco necesariamente. No puedo decir mucho más de él de momento. Habrá que ver cómo se comporta más allá de los ejemplos discutidos en la documentación. Muchos paquetes tienden a hacer trivial lo que antes era sencillo e imposible lo que antes difícil.