Supongo que a estas alturas todos conoceréis feather y rPython. Hoy los vais a ver trabajar juntos.
Primero solo en R:
library(feather) path <- "/tmp/my_data.feather" write_feather(cars, path) my_cars <- read_feather(path) Ahora, para pasarle datos a Python:
library(rPython) python.exec("import feather") python.exec("a = feather.read_dataframe('/tmp/my_data.feather')") python.exec("print a") Y, finalmente, para crear datos grandes en Python y devolvéselos a R:
python.exec("import numpy as np") python.exec("import pandas as pd") python.exec("arr = np.random.randn(10000000)") python.exec("arr[::10] = np.nan") python.
Ayer, después de mucho tiempo, perdí horas de sueño enredando con Jupyter. Y mi sensación fue la misma que hace un año: está bien para presentaciones, cursos y en definitiva, contenido cerrado y estructurado que para el cacharreo diario. ¡Echo en falta un lugar en el que equivocarme reiteradamente!
En RStudio, al menos, dispongo de la consola y de algún programa que uso como espacio de borrador. En Jupyter me siento como obligado a comportarme como esos niños repelentes que tomaban apuntes directamente a limpio.
Me llegan noticias de PyData Madrid 2016, que tendrá lugar en abril de este año en Madrid:
Os pongo un poco en contexto. Las PyData empezaron como conferencias de desarrolladores y usuarios de herramientas Python para trabajar con datos. Las primeras se hicieron en Silicon Valley, Nueva York, Londres,… Actualmente hay conferencias en NY, SV, Dallas, Seattle, Boston, Londres, Berlín, Amsterdam, París, Colonia, Tokio, Singapur,…, y Madrid. Como he comentado, empezaron un poco enfocadas en Python pero ahora están mucho más abiertas y se habla de Julia, Python, R, Scala,…
Un usuario de rPython, David González Knowles, me ha facilitado su código para pasar una tabla, iris en este caso, de R a una tabla de pandas en Python usando mi paquete.
En R hay tablas de serie. En Python no. La librería pandas de Python implementa algo parecido a los data.frames. Solo que nada garantiza que un usuario de Python la tenga instalada. Por eso no hay un formato de destino claro y universal para las tablas de R a través de rPython.
Una de las cosas que menos me canso de repetir es que R no es (solo) un lenguaje de programación. R es un entorno para el análisis de datos. Los informáticos se horrorizan con él: no entienden por qué es como es. Pero, fundamentalmente, su problema es que no conciben que pueda haber sido diseñado para el REPL y no (solamente) para crear programas.
Casi todo el tiempo que paso con R abierto lo consumo trabajando interactivamente, no programando.
Nota: publico hoy en inglés en atención al público potencial de la entrada.
rPython lets R users call Python code. Anaconda is a completely free enterprise-ready Python distribution for large-scale data processing, predictive analytics, and scientific computing. Not surprisingly, some users want to call Anaconda Python rather than their system’s default Python.
However, Anaconda is a very particular package: unlike most other packages, whose files are scattered in a diversity of locations, it is self contained in a single directory.
Quien escribió Call matplotlib from R podía haberse ahorrado bastante trabajo de la peor especie (programación de bajo nivel con C++) leyendo los benditos manuales (de rPython, en este caso).
Le bastaba hacer
library(rPython) x <- seq(0, 2*pi, length = 100) sx <- sin(x) cx <- cos(x) python.assign("x", x) python.assign("sx", sx) python.assign("cx", cx) python.exec("import matplotlib.pyplot as plt") python.exec("plt.rcParams.update({'figure.figsize' : (7,4)})") python.exec("plt.plot(x, sx)") python.exec("plt.plot(x, cx, '--r', linewidth=2) ") python.exec("plt.legend(('sin(x)', 'cos(x)'))") python.exec("plt.savefig('2015-04-02-pyplot.png')") para obtener
Acabo de subir a Github una nueva versión de rPython-win, que soluciona uno de mis bugs históricos: ha pasado tanto tiempo en estado “pendiente” que casi le cojo cariño. Tiene (o tenía) que ver con particularidades no documentadas de las APIs para C de Python en distintas versiones de Windows y creo que no afecta al paquete en otras plataformas.
Y aprovechando que el Pisuerga pasa por Valladolid, un enlace: Calling Python from R with rPython.
Me he puesto en modo estoy serio con Spark. Lo instalé en mi ya manida máquina virtual (voy a subir una nueva versión de ella pronto), pero hoy la voy a instalar en mi portátil. Y con la idea de, en los próximos días, montar un clúster en condiciones.
Los pasos son los siguientes:
Ir a la página de descargas y seleccionar una versión ya precompilada. Hay varias porque Spark se enlaza con librerías relacionadas con Hadoop (aunque uno puede utilizar Spark perfectamente sin él) y hay varias versiones mutuamente incompatibles de Hadoop.
He recibido hoy un correo sobre plot.ly, que es, según sus autores, una herramienta colaborativa para en análisis y la visualización de datos. Gustará seguramente a los interesados en las APIs: en el fondo, el software reside en la nube.
Permite, por ejemplo, [integrar gráficos interactivos en IPython](http://nbviewer.ipython.org/gist/msund/61cdbd5b22c103fffb84). Aunque no he visto ejemplos de cómo integrarlo con [knitr](http://yihui.name/knitr/). A ver si saco algo de tiempo…
Llamo sospechosos habituales a esos programas y lenguajes para el análisis de datos distintos de R cuya decreciente popularidad nos parece tan natural a los partidarios de este último. Abundan los análisis de cuotas de mercado tales como What Analytic Software are People Discussing?
¿Cuáles son estos sospechosos habituales? Pues SAS, SPSS y algún otro: Stata, Statistica, Minitab,…
Sin embargo, R tiene competidores más serios a medio plazo. Uno de ellos, el más importante, es Python.
Pues no lo sé. Seguramente, nadie. Pero como he visto esto (que no es otra forma que una representación palabrera de una matriz de transiciones de Markov) y el debate R vs Python para el análisis de datos ha resonado estos últimos días con cierta fuerza, voy a ensayar un pequeño divertimento matemático que me traslada a una clase práctica de Álgebra I en mis años de estudiante.
Es el siguiente:
Aprovechando que por un lado las circunstancias han querido que ahora disfrute de más tiempo libre; que, por otro, mi paquete rPython parece ir ganando aceptación y, finalmente, que tengo varios correos pendientes clamando por una versión en Windows, he pasado unos ratos tratando de hacer el proceso de instalación lo menos pesado y manual que me ha sido posible.
Y el resultado ha sido este.
Así que si alguien todavía sigue usando Windows y tiene interés en interactuar con Python desde R (aunque solo sea por aburrimiento), que lo pruebe.
