Epidemiología

Lo del coronavirus nos ha convertido a todos en epidemiólogos circunstanciales. Casi ninguno de vosotros tenéis acceso a los datos necesarios para hacer cosas por vuestra cuenta, pero sí, tal vez gracias a esta entrada, las herramientas necesarias para ello.

Podéis empezar por el paquete survellance de R, que implementa muchos de los métodos más modernos para la monitorización de brotes epidémicos.

En particular, puede que os interese la función bodaDelay, intitulada Bayesian Outbreak Detection in the Presence of Reporting Delays, y que implementa una serie de métodos para estimar el número real de casos cuando las notificaciones de los positivos llegan tarde. O, en plata, si dizque hay 613 confirmados oficiales, ¿cuántos podría llegar a haber realmente?

La pregunta es relevante porque en demografía, epidemiología y otras disciplinas entre las que no se suele contar la economía, se suele agrupar la población en grupos de edad (y/u otras variables relevantes). Son habituales los grupos de edad quinquenales y la pregunta es: ¿son homogéneos dichos grupos de edad a lo largo del tiempo?

No es una pregunta baladí: ha dado lugar a noticias como Why So Many White American Men Are Dying que no, no se explican por la desesperación o por la epidemia de opioides sino por el envejecimiento relativo de los grupos de edad en cuestión. En EE.UU., claro, no en España.

O Distributed Lag Models (véase, por ejemplo, dLagM).

Son modelos para estimar el impacto de una serie temporal sobre otra en situaciones como la siguientes:

• Una serie mide excesos de temperaturas (en verano).
• La otra, defunciones.

Existe un efecto causal (débil, pero medible) de la primera sobre la segunda. Pero las defunciones no ocurren el día mismo en que ocurren los excesos de temperaturas, sino que suelen demorarse unos cuantos días.

En vigilancia epidemiológica contamos eventos (p.e., muertes o casos de determinadas enfermedades). Lo que pasa es que el caso ocurrido en el día 0 puede notificarse con un retraso de 1, 2, 3… o incluso más días. En algunas aplicaciones, incluso semanas.

¿Cómo estimar el número de casos ocurridos el día 0 el día, p.e., 5?

Se puede aplicar el análisis de la supervivencia donde el evento muerte se reinterpreta como notificación. El el día 0 todos los sujetos están vivos y, poco a poco, van cayendo. Como en los consabidos modelos/gráficos de Kaplan-Meier,

Aquí. Se agradecen comentarios.

Un gilipollas se delatará por preferir una mentira exacta a una verdad aproximada. Y me refiero a La gripe ha causado ya más muertes en España que la pandemia de 2009, donde se lee que

España ha registrado hasta el momento un total de 472 muertes por gripe confirmadas en laboratorio, desde que a primeros de noviembre se registrara el primer fallecimiento de la temporada 2017-2018, que se ha convertido ya en la más letal de la última década, por encima incluso de la pandemia de gripe A (H1N1) que se produjo en 2009.

1. Tienes acceso a la serie histórica de hospitalizaciones (p.e. en Madrid) por diversas (muchas) causas.

2. Tienes acceso a la serie histórica de mediciones de distintos factores ambientales (p.e., en Madrid): ruido, óxidos de nitrógeno, partículas en suspensión,…

3. Buscas correlaciones (y, por supuesto, las encuentras).

4. Les asocias p-valore espurios.

5. Lo escribes en inglés (frecuentemente) y publicas:

   • Effect of Environmental Factors on Low Weight in Non-Premature Births: A Time Series Analysis
   • Effects of noise on telephone calls to the Madrid Regional Medical Emergency Service (SUMMA 112)
   • Short-term association between environmental factors and hospital admissions due to Dementia in Madrid
   • Impacto de la contaminación asociada al tráfico y la temperatura sobre variables adversas al nacimiento en Madrid. Un análisis de series temporales.
   • Short-term association between road traffic noise and demand for health care generated by Parkinson’s disease in Madrid
   • Traffic noise and adverse births outcomes in Madrid
   • Evaluation of short-term mortality attributable to particulate matter pollution in Spain
   • Impact of road traffic noise on cause-specific mortality in Madrid (Spain)
   • Association between environmental factors and emergency hospital admissions due to Alzheimer’s disease in Madrid
   • Saharan dust intrusions in Spain: Health impacts and associated synoptic conditions
   • Emergency multiple sclerosis hospital admissions attributable to chemical and acoustic pollution: Madrid (Spain), 2001-2009

¡Eso es a lo que Lakatos llama un señor programa de investigación científica!

Pero en Bélgica sí y es este.

¿A que es chulo?

Nota: Está hecho con dc.js.

Quiero publicitar hoy BioStatFLOSS, una recopilación de software (libre, como el propio nombre indica) para Windows, especialmente indicado a la hora de realizar trabajos en el campo de la bioestadística y la epidemiología (pero que también se puede utilizar para la realización de estudios estadísticos más generales).

El software (que incluye R como programa estrella) ha sido portabilizado —si no existía ya una versión portable, es decir, que no necesite instalación— y se ha creado un lanzador común desde donde se puedan llamar a todos esos programas (véase la captura adjunta). Este lanzador está programado en Lazarus (Free Pascal) y, en breve, se liberará el código fuente.

Hoy traigo a colación dos artículos que dicen, en esencia, lo contrario. El primero, No Adjustments Are Needed for Multiple Comparisons dice… lo que su título indica. Su resumen plantea el asunto un tanto menos sucintamente:

Se recomienda realizar ajustes al realizar múltiples tests sobre grandes conjuntos de datos para evitar rechazar la hipótesis nula demasiado fácilmente. Desafortunadamente, al reducir el error de tipo I se incrementa el error de tipo II. La hipótesis subyacente para realizar el ajuste es la de la hipótesis nula universal, según la cual, el azar es la explicación primera para todo fenómeno. Esta hipótesis está en contradicción con las premisas básicas de la investigación empírica, según la cual la naturaleza obedece leyes regulares que pueden ser estudiadas a través de su observación. Es preferible no aplicar ajustes al realizar múltiples tests porque da lugar a menos errores de interpretación cuando los datos no son números aleatorios sino observaciones extraídas de fenómenos naturales. Además, los científicos no deberían rehuir la exploración de hipótesis que pueden resultar ser falsas dada la posibilidad de no advertir fenómenos potencialmente importantes.