Scikit-Learn

Sobre los coeficientes de los GLM en Scikit-learn

Estadística, Python

Pensé que ya había escrito sobre el asunto porque tropecé con él en un proyecto hace un tiempo. Pero mi menoria se había confundido con otra entrada, Sobre la peculiarisima implementacion del modelo lineal en (pseudo-)Scikit-learn, donde se discute, precisamente, un problema similar si se lo mira de cierta manera o diametralmente opuesto si se ve con otra perspectiva.

Allí el problema era que Scikit-learn gestionaba muy sui generis el insidioso problema de la colinealidad. Precisamente, porque utiliza un optimizador ad hoc y no estándar para ajustar el modelo lineal.

Sobre la peculiarísima implementación del modelo lineal en (pseudo-)scikit-learn

Estadística, Python

Si ejecutas

import numpy as np
from sklearn.linear_model import LinearRegression

n = 1000
X = np.random.rand(n, 2)

Y = np.dot(X, np.array([1, 2])) + 1 + np.random.randn(n) / 2
reg = LinearRegression().fit(X, Y)

reg.intercept_
reg.coef_

se obtiene más o menos lo esperado. Pero si añades una columna linealmente dependiente,

X = np.column_stack((X, 1 * X[:,1]))

ocurren cosas de la más calamitosa especie:

Y = np.dot(X, np.array([1, 2, 1])) + 1 + np.random.randn(n) / 2
reg = LinearRegression().fit(X, Y)
reg.coef_
# array([ 9.89633991e-01, -1.63740303e+14,  1.63740303e+14])

Comentarios:

  • Diríase que la implementación del modelo lineal en scikit-learn no es la que se estudia por doquier (la prima, la inversa, etc.); sospecho que convierte el error cuadrático en una función que depende de los coeficientes y se la pasan a un optimizador (más o menos) genérico.
  • Supongo que la implementación actual pasa todos las pruebas unitarias.
  • Y sospecho, además, que las pruebas unitarias no las ha planteado un estadístico.
  • Así que tal vez los de scikit-learn no saben que tienen problemas de colinealidad; y si alguien se lo ha comentado, igual no han comprendido el issue.
  • Para la predicción, el problema arriba apuntado no es tal. Aun con coeficientes desaforados y siempre que no haya problemas de precisión numérica, tanto da hacer las cosas como todo el mundo o implementando ocurrencias como la anterior.
  • Pero para todo lo demás (p.e., impacto de variables, etc.), la implementación es de traca y no vale para maldita de Dios la cosa.
  • Aunque a estas alturas de siglo, ¿quién en su sano juicio usa el modelo lineal básico?
  • Además, en la práctica, no hay problemas de colinealidad (ni aproximada o, mucho menos, exacta). Hummm…
  • ¿O sí? Mi colega Cañadas ha escrito una entrada en su blog sobre la codificación de variables categóricas donde denuncia cómo en Python las funciones más habituales crean por defecto columnas linealmente dependientes por defecto (por no omitir el primer nivel). O sea, en Python, si no andas con cuidado, acabas con la suela llena de kk de perro.