R

Suelo trabajar un servidor con ocho CPUs. Cuando quiero paralelizar código en R, suelo utilizar [parallel::mclapply](https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/parallel/html/mclapply.html) (como aquí). Pero no tengo una máquina. Tengo varias. Y antes, de hecho, muchas.

¿Cómo paralelizar en distintas máquinas?

Se puede usar Spark (y SparkR), por ejemplo. Pero una ruta que no había ensayado jamás es la de la vieja escuela, i.e., MPI, snow y demás.

Pero si

• tienes varios servidores corriendo un sistema operativo decente,
• instalas R y snow (y todo lo que necesites) en todos ellos y
• configuras los servidores para poder acceder a través de ssh sin contraseña desde uno central,

y, entonces, ejecutas

Me tengo que morder la lengua por no contarlo todo. Escribiré hasta donde pueda hacerlo. Que es casi nada. La cosa es que ha llegado a mis oídos que una muy importante empresa española con muchos, muchos empleados planea una migración muy seria de SAS a R.

Lo cual no deja de ser un cotilleo empresarial más. Que, como tal, no tendría cabida aquí. Salvo por el hecho de que me consta que me leen muchos estudiantes, muchos profesionales que se replantean sus carreras, muchos desempleados que se están formando de cara a su reincorporación.

Me acabo de enterar que nuestros colegas de Sevilla están organizando la primera reunión de su grupo local de usuarios de R. Además, el tema es muy, muy relevante y de interés general: R Markdown.

Los detalles, aquí.

Sevillanos que seguís esta bitácora: ¡que no me entere yo que faltáis!

El problema consiste en leer, por ejemplo, [https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/2012-August.txt.gz](https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/2012-August.txt.gz).

Desde Windows, por algún motivo, es sencillo: se puede usar download.file y luego, readLines directamente (porque no sé si sabéis que esta y otras funciones similares saben leer directamente ficheros comprimidos con gzip).

En Linux parece algo más complicado: download.file se niega a bajar ficheros usando el protocolo [https](http://en.wikipedia.org/wiki/HTTP_Secure). Lo mejor que he sabido hacer es

library(httr)
x <- GET("https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/2012-August.txt.gz")
tmp <- tempfile()
writeBin(content(x, "raw"), tmp)
res <- readLines(tmp)
unlink(tmp)

que es feo, feo, feo.

No sé si visteis el vídeo que colgué el otro día. Trataba el problema de determinar si dos poblaciones

beer  <- c(27, 20, 21, 26, 27, 31, 24,
        21, 20, 19, 23, 24,
        18, 19, 24, 29, 18, 20, 17,
        31, 20, 25, 28, 21, 27)
water <- c(21, 22, 15, 12, 21, 16, 19,
        15, 22, 24, 19, 23, 13,
        22, 20, 24, 18, 20)

tienen o no la misma media. Más concretamente, si la población beer tiene una media superior a la de water como en efecto sucede:

mean(beer)
#[1] 23.2
mean(water)
#[1] 19.22222

¿Pero es esta diferencia significativa?

Muchos plantearían un t-test:

t.test(beer, water, alternative = "greater")
# Welch Two Sample t-test
#
# data:  beer and water
# t = 3.3086, df = 39.271, p-value = 0.001007
# alternative hypothesis: true difference in means is greater than 0
# 95 percent confidence interval:
#   1.952483      Inf
# sample estimates:
#   mean of x mean of y
# 23.20000  19.22222

Pero en el vídeo se propone una alternativa basada en remuestreos:

Ya están disponibles las diapositivas y vídeos de las charlas de las VI Jornadas de Usuarios de R. Entre ellos, las diapositivas y el

de la charla de quien suscribe.

(Y gracias, de nuevo, al equipo local (en Santiago) del Comité Organizador de las Jornadas por su estupendo trabajo).

Regreso de las VI Jornadas de Usuarios de R y, como otros años he hecho (véase esto, esto y esto), al volver a casa, quiero escribir sobre este par de días estupendos que he pasado en Santiago.

Antes de ello quiero agradecer a los miembros de los comités científico y organizador su esfuerzo. Muy especialmente a los miembros locales de este último que —quien lo probó bien lo sabe— hicieron un gran e impagable trabajo. (Aquí me es obligado indicar que mis agradecimientos al comité organizador no se extienden a uno de ellos, el que suscribe, que este año, prácticamente, solo fue miembro de manera nominal).

Esta noche, mochila al hombro, parto para Santiago. Me esperan allá las VI Jornadas de Usuarios de R.

Algo contaré este año. Es lo de menos. Lo de más, que volveré a ver a viejos amigos.

¿Nos vemos en Santiago?

Me pasó el otro día Federico Castanedo un enlace a swirl que quiero compartir con mis lectores y, en particular, aquellos que quieren aprender (¡o enseñar!) R.

¿Cómo funciona? Sencillo:

install.packages("swirl")
library("swirl")
swirl()

(idealmente en RStudio) y luego, click, click, click hasta saber todo lo que merece ser sabido en R.

El amanecer es una cosa que ocurre a diario, me cuentan, pero que yo apenas he visto. Casi hablo de lo que no sé. Por otra parte, la discusión de los horarios, de si deberíamos tener la hora de Londres y no la de Berlín, me parece puro nominalismo. Unos llaman a la hora a la que se levantan sechs, otros seven, otros huit y yo diez y veinte. Y no pasa nada.